在处理知网查重报告中的参考文献重复问题时，首先需要仔细检查文献引用格式是否一致，避免因引用格式不同而被误认为重复。其次，可以通过修改引用内容或者增加引用来源来避免重复。另外，使用专业的查重软件对文献进行查重也是一种有效的处理方法。最后，定期更新参考文献库，及时清理过时或重复的文献，可以有效减少重复率。

处理知网查重报告中的参考文献重复问题的方法还包括检查文献引用的顺序是否正确，避免同一文献被重复引用。同时，可以尝试对文献内容进行适当的修改，使得引用内容更加差异化，减少重复的可能性。此外，与合作作者或同行进行沟通，确认是否有重复引用的情况也是一种解决途径。总的来说，处理参考文献重复问题需要细心检查、技术手段辅助以及与他人的合作共同努力。